Vào thế kỷ thứ 2 TCN, đế quốc Seleukos và nhà Ptolemaios đều suy yếu bởi những mối hận thù triều đại[2][3] những cuộc chiến tranh liên miên (được biết đến như là Các cuộc chiến tranh Syria), và sự can thiệp của người La Mã.[4] Để xóa bỏ sự căng thẳng này, hai triều đại đã tiến hành hôn nhân triều đại.[5] Cleopatra I của Syria kết hôn với Ptolemaios V của Ai Cập vào năm 193 TCN,[6] và người cháu nội của bà ta là Cleopatra Thea đã kết hôn với ba vị vua Syria liên tiếp bắt đầu từ năm 150 TCN.[7] Những cuộc hôn nhân triều đại này giúp Ai Cập tạo ra sự bất ổn cho Syria, mà nhất là khiến cho nó rơi vào tình trạng chia cắt giữa những người tranh giành ngai vàng khác nhau;[8] những người anh em đánh lẫn nhau và Ai Cập can thiệp bằng cách hỗ trợ người này chống lại người kia.[9]

Cleopatra Selene được sinh ra trong khoảng thời gian giữa năm 135 và 130 TCN, bà là con gái của Ptolemaios VIII với Cleopatra III.[10] Cleopatra Selene có nhiều anh chị em ruột bao gồm Ptolemaios IX, Ptolemaios X, và Cleopatra IV.[11] Những nhà văn cổ đại, chẳng hạn như Cicero và Appian, nói rằng tên của hoàng hậu là Selene,[12][13] và Strabo nói rõ rằng tên họ của bà là "Cleopatra".[14] Mặt khác, các học giả hiện đại, chẳng hạn như Arthur Houghton và Nicholas L. Wright, lại tin rằng Selene là tên hiệu mà bà đã sử dụng khi trở thành hoàng hậu của Ai Cập.[15][16] Những đồng tiền xu đúc với tên của bà ghi lại tên bà là Cleopatra Selene.[17]Selene là tên của nữ thần mặt trăng Hy Lạp và được kết nối với từ selas (σέλας), nghĩa là "ánh sáng".[18] "Cleopatra" là một tên tên gọi triều đại của nhà Ptolemaios;[19] nó có nghĩa là "Nổi tiếng nhờ người cha" hoặc "lừng danh nhờ tổ tiên".[20] Là một nữ hoàng của Syria, bà là người thứ hai cai trị với tên 'Cleopatra'. Do đó, bà được gọi là "Cleopatra II Selene" để phân biệt bà với người tiền nhiệm và cũng là dì của mình, Cleopatra I Thea,[note 2][22] bà ta là mẹ của Antiochos VIII và Antiochos IX, những người chồng của Cleopatra Selene.[23]Học giả Hy Lạp cổ đại Grace Macurdy đánh số thứ tự Cleopatra Selene là "Cleopatra V" trong phạm vi triều đại Ptolemaios và nhiều sử gia cũng sử dụng quy ước này.[24]